أنشأ قسم النبات والميكروبيولوجى عام 1995، وقد ساهم فى تأسيسه مجموعة من أعضاء هيئة التدريس من ذوى الخبرة والسمعة العلمية الطيبة وأخص بالذكر من بين هبئة التدريس الدكتور لطفى محسن (كلية العلوم بأسوان، جامعة أسيوط سابقا) والدكتور محمد سليمان (كلية العلوم بقنا، جامعة أسيوط سابقا) ومن الهيئة المعونة (جيهان زغلول، كلية الإقتصاد المنزلى، جامعة حلوان سابقا، رانيا أبوحديد وإنتصار نصار، نيرمين السمري، سماح غانم، ألفت معتمد(، تلا ذلك إضافة مجموعة متميزة من أعضاء هيئة التدريس للقسم من جامعات الزقازيق، المنوفية، كفر الشيخ وجامعة طنطا.   

يضم القسم مجموعة من الشعب مثل النبات، الميكروبيولوجى، النبات والكيمياء، وكذلك الميكروبيولوجى، والكيمياء الحيوى والذى انفردت به الكلية من ذلك الوقت لما له من اهمية تطبيقية فى خدمة المجتمع، وبذلك يجمع القسم بين التخصصات الأكاديمية والتطبيقية فى العلوم الأساسية ذات الصلة.

لقسم النبات والميكروبيولوجى مشاركات عدة مع الهيئات العلمية والبحثية المتخصصة مثل المركز القومى للبحوث، مركز البحوث الزراعية، هيئة الرقابة الدوائية، تكنولوجيا الاشعاع، مركز بحوث الصحراء، المعهد القومى للأورام، … وغيرها من الهيئات العلمية بجمهورية مصر العربية.

يعد قسم النبات والميكروبيولوجى أحد منارات كلية العلوم بجامعة حلوان المتميزة لما له من سمعة طيبة بين أقسام النبات والميكروبيولوجى وكليات العلوم بجامعات مصر المختلفة، حيث يقوم بالتدريس به نخبة متميزة من أعضاء هيئة التدريس مما ينعكس إيجاباً على المستوى المتميز للخريجين.      

يضم القسم بالإضافة للمعامل البحثية المتميزة بالقسم بما تزخر به من أجهزة علمية، المعشبة النباتية التى تحوى العديد من العينات النباتيه المصنفة والمعرفة، كما اشتهر القسم بتخصص الحفريات النباتية، الذى يختص بدراسة البقايا النباتية فى الحفريات الاثرية بالإضافة إلى تخصص التقنية الحيوية وزراعة الأنسجة والهندسة الوراثية، مما ساعد ويساعد فى إنهاء مئات الطلاب لمرحلة الدراسات العليا به والحصول على درجتى الماجستير والدكتوراه.

ونظراً لمشاركة بعض أعضاء هيئة التدريس بقسم النبات والميكروبيولوجى الملحوظ فى الحصول على العديد من المشروعات الأكاديمية والبحثية والتطبيقية على مستوى الجامعة والدولة، ومشاركتهم فى اللجان العلمية والبحثية والأكاديمية على المستوى القومى، بالإضافة لإسهاماتهم الفعالة فى لجان الإعتماد والجودة على المستوى القومى، مما إنعكس إيجابا فى إعتماد كلية العلوم بجامعة حلوان خلال عام 2018، فقد أسهمت هذه الخبرات فى تنمية قدرات القسم العلمية لخريجى الكلية فى مرحلتى البكالوريوس والدراسات العليا فى التأهل للحصول على مكانة متميزة فى المجتمع المحلى والإقليمى والدولى، والإستعانة بالعديد من أعضاء هيئة التدريس بالقسم بالمؤسسات التعليمية والبحثية بالخارج.